Já antes de 1983, o Partido Verde contava com fundações estatais próprias afiliadas ao partido em âmbito regional. Essas instituições decidiram se aglutinar em uma fundação federal. A Frauenanstiftung, liderada por mulheres do movimento feminista, realizou a Conferência Federal de Grupos Pacifistas Independentes e o Congresso Federal de Grupos de Ativistas no Movimento de Desenvolvimento .
A iniciativa para a constituição da Fundação Heinrich Böll teve a participação decisiva de alguns políticos do Partido Verde, especialmente Lukas Beckmann e Christa Nickels, em setembro de 1986 em Colônia. Em 1º de julho de 1988, os representantes das fundações regionais se associaram na Buntstift-Föderation, a qual, por sua vez, em 26 de julho de 1988 deu lugar a uma federação de fundações chamada Regenbogen. Em 15 de agosto do mesmo ano, o conselho federal dos Verdes reconheceu a fundação Regenbogen como uma das fundações politicamente próximas ao Partido Verde.
A fusão das fundações individuais na nova Fundação Heinrich Böll foi encaminhada durante uma assembléia nacional dos Verdes em março de 1996, em Mainz (Mogúncia). Durante essa reunião, a democracia de gênero ficou estabelecida nos estatutos como tema comum e transversal. O combate à discriminação contra lésbicas e homossexuais também foi considerado prioridade, além da política de migrações. A nova Fundação Heinrich Böll iniciou seus trabalhos em 1º de julho de 1997 em sua sede no coração de Berlim, no conjunto arquitetônico denominado Hackesche Höfe.
A nova sede da Fundação Heinrich Böll, em Schuhmannstraße, foi inaugurada em 2008.